A kereszténység a Kr. u. I. század végén jelenik meg, és a II.-III. században gyökeret ver Egyiptomban. Érdekes módon itt máig is fennmaradt, pedig Afrika többi részén az iszlám hódított. Ez a keresztény vallás Egyiptomban (amelyikről ezután írni fogok) a kopt egyház. Az egyház feje az alexandriai pátriárka, és kb. 8 millió hívőt számlál. Egyiptomban, Szudánban és más afrikai országokban diaszpórában élnek. Mai keresztény vallások Egyiptomban: görög ortodox, alexandriai szertartású katolikus (kopt egyház), római katolikus, örmény katolikus és protestáns. A kopt egyház alapítója a hagyomány szerint Márk evangélista, aki az 1. alexandriai püspök is volt egyben. Ezt korabeli adat nem támasztja alá, Euszébiosz ír róla a IV. században és a János evangélium egyik töredékében (Rylands-papirusz) olvashatunk erről, ami egyébként a Kr.u. II. századból való. Az alexandriai kereszténység már kezdetben gyors sikereket ért el, főleg a műveltek körében. Itt is erős hatása volt a kereszténységre a gnoszticizmusnak a II. század végéig. Ekkor a katekéta iskola képviselői (Alexandriai Kelemen, Órigenész) a gnoszticizmus ellen fordulnak. 391-ben elfoglalják a keresztények Szerapisz templomát és Philea szigetén is keresztény kultuszhellyé alakítanak egy volt Ízisz templomot. Már ezekből az adatokból is látható, hogy mekkora hatással lehetett az egyiptomi kultúra a kereszténységre. Septimius Severus és Decius Egyiptom földjén is üldözte a keresztényeket. A III. században ennek ellenére csak nő a keresztények száma. A Diocletianus-féle keresztényüldözés sem ért el jelentősebb eredményt, a keresztény egyház ekkor is erősödött itt Egyiptomban. Constantinus pedig végre vallásszabadságot hirdet, az egyházat nem üldözik tovább (legalábbis nem hivatalosan, központilag). Ezután közel 100 éven keresztül Egyiptom válik az egyik legjelentősebb keresztény központtá. A kalkedóni zsinat (451) viszont törést hozott Róma és Alexandria között. Egyiptom püspökei Krisztus természetéről monofizita módon gondolkoztak. Így szembe kerültek a kereszténységgel, akik szerint Krisztusban az emberi és az isteni természet is 100%-osan jelen van. (A monoteisták szerint Krisztus rendelkezik egy isteni természettel, és az emberi természet ehhez képest annyira jelentéktelen, hogy szinte ,,beleolvad” az istenibe. Ezért vélték úgy, hogy lényegileg Krisztusnak csak egy természete van (monofizitizmus), az emberi beleolvad ebbe, mint csepp a tengerbe.) A kopt egyház lényegében tehát szembe találta magát a hivatalos egyházzal a zsinaton, el is vált tőle, ezután beszélhetünk külön a kopt egyház történetéről. A kopt egyház viszont továbbra is jelentős keresztény egyház marad. Itt alakul ki a remeteség és a szerzetesség. Az első keresztény kolostor Tabennészinél, Nag Hammadinál jön létre. Ezekre egyébként még hatással van a gnosztikus ideológia. A III-IV. században azonban jelentősen visszaszorul Egyiptomban a gnoszticizmus, ezután kopt nyelven él tovább, a kopt mágikus szövegekben. A IV. század után viszont nincs többé hatással a keresztény egyház életére.
A Kopt Katolikus Egyház a keleti katolikus egyházak egyike, 1741-ben szakadt ki a katolikus misszió hatására a Kopt Ortodox Egyházból. Szertartásuk a kopt katolikus szertartás, mely a kopt miafizita szertartás katolikus átdolgozása. A kopt miafizita szertartással ellentétben a hívek nem a kehelyből isznak, hanem kis kanállal áldoztatják őket. A kopt katolikusok a karácsony előtti böjtben, a nagyböjtben és a halottakért fölajánlott misékben a Cirill-misét végzik, az Úr, Szűz Mária és a nagy szentek ünnepein a Gergely-, az év többi napjain a Vazul-misét végzik. Papjaik cölibátusban élnek.
Az egyház 1 patriarchátusból és 5 püspükségből (Assiut, Ismailia, Luxor, Minya, Sohag) áll. Liturgiai nyelvük a kopt és az arab.