A New York-i székhelyű Human Rights Watch arról számolt be, hogy a Seleka harcosai nőket erőszakolnak meg, fosztogatnak és tömeges letartóztatásokat is végrehajtanak az országban. A Seleka emberei a hatalomátvétel óta politikai riválisaik ellen is hajtóvadászatot indítottak, főként Francois Bozize ex-elnök támogatóit hurcolták el, akiket bíróság elé szeretnének állítani. A Seleka korábban azt hangoztatta, hogy elsődleges célja a korábbi vezetés által elkövetett hibák kijavítása– mondta Daniel Bekele emberjogi aktivista.
A Human Rights Watch-nak bizonyítékai vannak arra, hogy a Seleka harcosai a felkelés idején és a főváros elfoglalása után civileket is gyilkoltak. A HRW arról számolt be, hogy a harcok idején a Seleka fegyveresei válogatás nélkül lövöldöztek az emberekre és nem törődtek a civilek védelmével. A legsúlyosabb vérengzés a főváros Rabe és Ouangp negyedében történt. Bangui elfoglalása után a Seleka harcosok fosztogatásokba kezdtek és hajtóvadászatot indítottak Bozize katonái ellen, akik közül sokakat kivégeztek. A HRW szerint a Seleka harcosok által végrehajtott cselekmények háborús bűnöknek minősülnek.
A jelenlegi vezetés információs minisztere korábban többször is kijelentette, hogy kivizsgálják az atrocitásokat, de megjegyezte, hogy a súlyos bűnök többségét a Selekára fogják, miközben mások hajtották azokat végre. A Nemzetközi Büntetőbíróság és az ENSZ viszont úgy véli: Micheal Djotodia felelőssége, hogy nem sikerült helyreállítani a rendet és megfékezni a súlyos bántalmazásokat az országban. Djotodia a Seleka vezetője és az ország átmeneti elnöke. A hadúr korábban azt mondta, hogy az átmeneti időszak 18 hónapig tart.