Az ENSZ adatai szerint a harcok kezdete óta körülbelül 417 ezer ember menekült el a térségből. A becslések szerint 80 ezren a szomszédos Dél-Szudánba menekültek. Valeria Amos, az ENSZ humanitárius ügyekért felelős helyettes főtitkára elmondta, hogy a lázadók által ellenőrzött területeken élő emberek élelmiszerhiánnyal küszködnek. Amos felszólította a szudáni vezetést, hogy oldja fel a nemzetközi segélyszerveteket sújtó korlátozásokat. Kartúm csak kis létszámban, szigorú ellenőrzés mellett engedélyezi a szervezetek működését, a harcok sújtotta területekre be sem engedi a segélymunkásokat. A szudáni vezetés kijelentette, hogy nem oldja fel a tilalmat, mert azt a külföldi segélymunkások védelme érdekében vezette be.
Kék Nílusban és Dél-Kordofánban több olyan lázadó szervezet is működik, amely a szudáni polgárháború idején a déliekkel szövetkezett. A térségben az SPLAM-NORTH a legnagyobb és legerősebb szervezet, amely szoros kapcsolatban áll a dél-szudáni SPLM kormányzó párttal. Dél-Szudán kiválása után a kartúmi vezetés minden politikai jogától megfosztotta az SPLM-NORTH mozgalmat, olyannyira, hogy be is tiltotta a szervezet működését