A déli terület 79 megyéjéből 10 megyében volt kiugróan magas a részvétel az AP hírügynökség elemzése szerint. Volt, ahol csak hárommal, de volt ahol 720-al szavaztak többen, mint amennyien az eredeti névjegyzéken szerepeltek. A gyanús szavazatokat 33 választási körzetben adták le. Összesen 2600 választási körzet volt a népszavazáson. A helyi választási bizottság bejelentette, hogy több szavazócédulát zároltak. Ha más szabálysértés nem volt a népszavazáson, akkor ennek a néhány többlet voksnak nem lesz hatása az eredményre. A hivatalos eredményeket várhatóan egy hét múlva teszik közzé, Dél-Szudán függetlenségét ennek megfelelően a nyár közepén hirdethetik ki.
A január 9–15. között megtartott függetlenségi referendumot az Arab Liga és az amerikai Carter-központ megfigyelői is hitelesnek, a nemzetközi normáknak megfelelőnek tartották.