Szintén problémát okoz a Darfurba menekült dél-szudániak helyzete, akik nem mernek részt venni a szavazáson, attól tartva, hogy a szudáni kormányzat ezért megtorlást alkalmaz ellenük. A tartományban működő kormány ellenes erők (akik korábban az SPLA/M szövetségesei voltak) nem nyilatkoznak a választásokkal kapcsolatosan, de az „Igazságért és Egyenlőségért Mozgalom” (Justice and Equality Movement –JEM) álláspontjában leszögezte, hogy mindenkit, aki részt vesz a választásokon potenciális ellenségnek, célpontnak tekintenek.
Komoly véleménykülönbség van az országot kormányzó NCP (National Congress Party) és a délieket képviselő SPLA/M között, hogy kik és milyen arányban dönthetnek a déli országrész függetlenségéről. Az NCP vezetői szerint legalább a délen élők 75% kell, hogy a függetlenségre szavazzon, különben a szavazást érvénytelennek tekintik. Ezt azért sem akarják elfogadni a déliek, mert még 2009 októberében megegyeztek az északiakkal, hogy ha szavazásra jogosultak 60% a elmegy szavazni, akkor a voksok egyszerű többségét megszerző fél nyeri meg a referendumot. Amennyiben ezt az arányt nem érné el a szavazók létszáma, úgy a referendumot 60 elteltével meg kell ismételni. A felek abban sem értenek egyet, hogy az északon élő déliek szavazhatnak-e, illetve ha dél elszakad megtarthatják-e az északi területeken lévő vagyonukat. Szintén vita tárgyát képezi az ország meglévő államadóságának a megosztása, ha Dél-Szudán függetlenné válna.
2010 szeptemberében ugyan a tárgyalásokat újra kezdték, de a fontosabb kérdésekben nem tudtak megegyezni. Abban azonban egyetértettek, hogy a szavazást 2011. január 9-én tartják meg, amely ha eredménytelen, akkor 60 nap múltán megismétlik azt.
Az egyiptomiak tartva egy esetleges újabb polgárháborútól, javasolták egy konföderatív államszövetség létrehozását, amelyben az északi és déli területek is hasonló jogokkal és kötelezettségekkel bírnának. Ezt azonban a szudáni elnök, Omár El Bashír elutasította, ugyanis szerinte vagy az ország egységéről vagy annak szétszakadásáról fognak szavazni az emberek, mivel a déliek nem kérnek egy konföderációból. Ha a választások nyomán pedig két részre szakadna az ország, akkor majd tárgyalásokat kezdenek a déliekkel a két országrész további viszonyáról.
Észak és Dél közötti feszültségek
A szudáni politikusok akár északiak, akár déliek voltak, a kampány során arról beszéltek, hogy nem az számít, hogy egységes marad-e az ország vagy külön válik, hanem az hogy békés eszközökkel valósuljon meg. A választások után, függetlenül attól, hogy milyen eredmény születik, az északi és déli politikai elit bizonyos kérdésekben (állampolgárság, biztonság, pénzügyi és gazdasági, stb.) kénytelen lesz továbbra is együttműködni.
Az olajügyi miniszter, Deng szerint, ha az északiak nem részesedhetnek továbbra is a főként délen található olajmezők hasznából, az biztos háborút robbantana ki. Véleménye szerint ezért addig, amíg más alternatívákat nem találnak az északiak, biztosítani kell számukra valamennyi olajat. Persze nem csak a déliek diktálhatnak, hisz a kitermelt olajat az északi területeken lévő olajvezetékeken juttatják el Port-Sudánba onnan pedig a világpiacra. Mivel a déliek nem rendelkeznek más gazdaságos szállítási lehetőségekkel, kénytelenek ők is együttműködni az északiakkal. Mind a két párt kampányt szervezett annak érdekében, hogy még a szavazás előtt szembenézhessenek a választások után létrejövő problémákkal és azokra valamilyen megoldást találjanak. Omár El Bashir az egyik beszédében nyugalomra intette az északi területeken élő dél-szudániakat, akiknek ígéretet tett arra, hogy megőrizhetik szudáni állampolgárságukat és az északi területen lévő vagyonukat, bármilyen eredmény is születik a szavazáskor. Véleménye szerint a két ország rész között az érzelmi és szociális kötődések továbbra is megmaradnak.
Olajkincs megosztása
Egyes biztonságpolitikai szakértők attól tartanak, hogy a referendum után ismét polgárháborúba sodródhat az ország. Véleményük szerint elsősorban a viszonylag kevés és főként délen található ásványi kincsek (arany, króm, rézérc, vasérc, mangán, uránium, alabástrom és kőolaj) elvesztése igen érzékenyen érintené az északiakat, akik nem csak területet, hanem a bevételeik igen nagy részét veszíthetnék el a déliek függetlenedése után. Például az elmúlt évek során az olajbevételekből származó jövedelmekből fizették ki a különböző fegyveres csoportokat, akik így relatíve nyugalomban maradtak és nem zaklatták a polgári lakosságot, azonban ha elvesztik a biztos jövedelműket, akkor ismét fegyvert foghatnak. Éppen ezért mind a két oldal számára kedvezőbb, ha megosztják az ország nyersanyagkincseit és így fenntartják a törékeny békét, mintha az egyik fél megpróbálná egyedül megszállni az olajmezőket, ami biztosan háborúba torkollana. Ha fennmarad a béke, akkor a külföldi befektetők nem hagyják el az országot, hanem még többen jönnének befektetni a szudáni gazdaságba. Egy újabb polgárháború kitörése esetén az ország több mint 100 milliárd dollárt veszíthetne, ezt pedig a nemzetközi közösség nem lenne képes pótolni.
Ez jól látható Kína tevékenységében is, amely az elmúlt évek során több milliárd értékű beruházásokat hajtott végre a szudáni olajiparban. Eddig a saját, pragmatikus politikáját folytató ország az északi kormányt támogatta, de az elmúlt időszakban el kezdett jobb kapcsolatokat kiépíteni a déli országrész vezetőivel, hogy megtarthassa az eddig megszerzett koncesszióit. ha háború törne ki a két ország rész között talán Kína veszítene a legtöbbet a külföldi befektetők közül, ezért neki semmiképpen sem érdeke egy újabb fegyveres konfliktus kirobbanása.
Még a függetlenségre szavazó déli vezetők egy része is tart egy polgárháborútól, mivel a kőolajmezők 80% Dél-Szudán területén található és az elmúlt években ott kitermelt olaj pörgette fel a szudáni gazdaságot. a Nemzetközi Valutaalap egyik elemzése szerint 1989 óta, amikor is Omár El Bashir katonai puccsal megszerezte a hatalmat, az ország bevételei majdnem háromszorosára nőttek, köszönhetően az olajbevételeknek. Egy másik, a Világbank által készített jelentés szerint az ország olajexportja folyamatosan növekvő bevételeket generált, éppen ezért az északiak fejlődése olyan mértékben függ az olajbevételektől, hogy azok megszűnése esetén az egész gazdaságuk csődbe menne (az ország bevételeinek 60%-a az olajexportból származik). A szudáni ipari miniszter, Awad Al-Jaz szerint éppen ezért semmilyen körülmények között nem engedhető meg, hogy Dél elszakadjon Északtól. Véleménye szerint az öt évvel ezelőtt megkötött béke megállapodás a délieknek adta az ország olajbevételeinek 50%-t, ebből a kormány pedig az elmúlt években hatalmas fejlesztéseket hajtott végre (infrastruktúra, oktatás, állami alkalmazottak, hadsereg fizetése), ez is bizonyítja, hogy meg kell őrizni az ország egységét. Persze ez az állítás nem teljesen fedi a valóságot, mert bár történtek az elmúlt években Délen is fejlesztések, azonban az ott élők hátránya még mindig behozhatatlan az északon élőkkel szemben.
Nemzetiségi problémák
A másik komoly probléma, amitől a nemzetközi közösség tart, hogy a soknemzetiségű Dél-Szudánban a függetlenség kivívása után törzsi háborúk robbanhatnak ki. Erre sajnos nagy az esély ugyanis az elmúlt évszázadok során több esetben is etnikai jellegű háborúk törtek ki a különböző törzsek (főként a Dinka és Nuer törzsek részvételével) között. Ezeket az összecsapásokat a brit gyarmatosítok is csak időszakosan tudták visszaszorítani, azok időről-időre egyre véresebben robbantak ki, és így volt ez Szudán függetlenné válása után is. Sokan attól tartanak, ha a déliek megszerzik a függetlenséget, akkor eltűnik a közös cél, ami miatt az ellenségeskedéseket felfüggesztették, újra kezdődnek a törzsi színezetű villongások. Erre van esély főleg akkor, ha megmarad a déli területek elmaradottsága, ha nem számolja fel a kormányzat az egyre erősödő korrupciót és nem lesz megfékezni a már most is rabló, fosztogató katonákat.
Amennyiben a déliek januárban elnyerik a függetlenséget, és nem lesznek képesek megegyezni a különböző nemzetiségek, törzsek egymással, akkor az komoly problémákat, rosszabb esetben polgárháború kirobbanását hozhatja az új országban. Dél-Szudánban ugyanis több száz kisebb nagyobb törzs, etnikai csoport található (Dinka, Nuer, Anouak, Shillouk, Azande, Lotuho, Acholi, Bari, stb.), akik évszázadok óta gyilkolják és fosztogatják egymást. Főként egymás marháit rabolják el, amelyekből véres összecsapások szoktak keletkezni. Az elmúlt két év során is több ezer dél-szudáni veszítette az életét hasonló összeütközésekben. A nemzetiségi problémák a 2010 áprilisában tartott választásokon is felszínre törtek, amikor a déli területeket irányító, egyben az ország alelnöki posztját is betöltő Salva Kiir ismét megmérette magát a kihívóival szemben. A másik esetben a déliek egyik tábornoka, Georg Athor fegyveres harcot indított az őt korábban kinevező déli kormányzat ellen, mivel nem tudta megszerezni az egyik régió kormányzójának pozícióját. Az elmúlt hónapok során több katonaszökevény és rabló is csatlakozott hozzá, akikkel folyamatos rettegésben tartja a polgári lakosságot, de több sikeres rajtaütést hajtott végre a kormánycsapatok egységei ellen is.
A déli területeken élő muzulmánok vezetői közölték, hogy ha dél elszakad, akkor ők is függetlenséget követelnek maguknak, ugyanis nem akarnak a törzsi színezetű belviszályok által sújtott Dél-Szudán állampolgárai lenni, ahol az ott élők képtelenek egységet teremteni. Ugyanakkor tartanak attól, hogy a többségbe kerülő keresztény és animista vezetés, hasonlóan korlátozhatja az ő jogaikat, mint korábban a muzulmán dominanciájú, északi kormányzat a nem muzulmán déliekét.
Határok kérdése
Ha a Dél elszakad Északtól, akkor a jelenleg meglévő belső határok, amelyek átrajzolásra kerülnek, majd egyfajta demarkációs vonalként (országhatár) fognak funkcionálni. Azok, akik a határok mentén élnek, illetve az északon éli déli menekültek attól tartanak, ha a déliek megszerzik a függetlenséget, lezárják a határokat és megszűnik az azon történő szabad mozgás annak ellenére, hogy a déli vezetőség ígéretet tett a nomádoknak a határokon történő szabad mozgásuk meghagyására. A határok kérdése, ha nem tudnak egymással megegyezni az északiak és déliek szintén fegyveres konfliktushoz vezethet, amely könnyen átterjedhet a régió más országaira is. Egy az ENSZ által tartott koordinációs megbeszélésen, ahol a környező országok vezetői is részt vettek, az etióp miniszterelnök, Meles Zenawi figyelmeztette a Világszervezet képviselőit, ha nem fektetnek kellő hangsúlyt a később létrehozandó határok helyére, akkor a jelenlegi törékeny béke megsemmisül. A közel 2000 kilométer hosszúságú határmenti terület Szudán egyik ásványi anyagokban leggazdagabb területe, és a legtöbb etnikai csoport is itt települt meg. Itt élnek azok a főleg nomád életmódot folytató arab törzsek, akik a száraz időszakok során északról lehajtják az állataikat a déli legelőkre, akik attól tartanak, hogy a határokat a déliek majd lezárják előttük, így a csordáik biztos pusztulásra ítéltetnek majd.
A határkérdés megoldatlansága így tovább erősíti a nomád életmódot folytató arab és a fölművelő életmódot folytató, főként fekete törzsek közötti ellenségeskedést. Érthető módon a földművesek szeretnék megakadályozni a nomádok vándorlását, ebben a déli kormányzat támogatására is számíthatnak, míg a nomádokat az északiak támogatják. Az egyik leg inkább robbanásveszélyes terület, az Abyei nevű határváros közelében található Heglig és Bamboo olajmezők, ahol a déli Ngok Dinka földművesek és az északi Misseriya arab nomádok közötti ellenségeskedés többször vezetett fegyveres összeütközéshez.
Az egyik déli vezető szerint Heglig a déli Unity tartományhoz tartozik, míg az arabok szerint az északi Kordofán tartomány része. A Misseriya arabok a megegyezés hiányában, követelték, hogy joguk legyen szavazni arról a kérdésről, hogy északhoz vagy délhez tartozzon a későbbiekben a terület. Ha ez nem történne meg, akkor fegyveres harcot indítanak a déli kormányzat ellen.
Még azok a szudáni vezetők is akik meg akarják őrizni Szudán területi egységét, fontosnak tartják egy az északi és déli tartományok közötti belső határ meglétét, amelyet még a januári szavazások előtt kellett volna véglegesíteni. A korábbi gyarmatosító nagyhatalom, Nagy-Britannia szerint ez a belső „demarkációs vonal” lehetne a későbbi határ Észak és Dél között, amennyiben a déliek a függetlenségre szavaznának. Azonban a mai napig nincs megegyezés a határ pontos helyéről.
A referendummal kapcsolatos viták
Mind az északi, mind pedig a déli hatóságokat gyakran éri az a vád (jogosan), hogy a média munkatársait gyakran zaklatással és megfélemlítéssel próbálják meg arra kényszeríteni, hogy miről írjanak, illetve miről tájékoztassák a közvéleményt. A kampány alatt több vád érte a délieket, hogy megsértették a béke megállapodást, mivel csapataikkal többször tartottak erőfitogtatással felérő demonstrációkat, így próbálva nyomást gyakorolni a lakosságra. A szudáni kormányzat képviselői között voltak olyanok, akik azt nyilatkozták, hogy ha számukra kedvezőtlen eredmény születik, akkor azt nem ismerik el, és tárgyalásokat kezdenek az USA, az ENSZ és az AU képviselőivel Dél-Szudán jövőjéről. Az északiak vitatják a jelenlegi határ helyét is, szerintük az 1956 előtti határ mögé kellene a dél-szudániaknak visszavonulniuk.
Salva Kiir egy nyilatkozatában arról beszélt, hogy amennyiben a referendum nem kerül megtartásra az előre egyeztetett időpontban, úgy bármelyik pillanatban ismét kitörhet a polgárháború. egy másik déli politikus szerint az északiak csak ürügyet keresnek a referendum
elhalasztására, és hogy ismét bevethessék a hadsereget a déliek ellen.
A szudáni elnök Omár El Bashir azonban az SPLM képviselőit vádolta időhúzással és azzal, hogy akadályozzák a referendum időbeni megvalósulását, amellyel veszélyeztetik a törékeny békét, annak ellenére, hogy a kharthoumi vezetés mindent megtesz a szavazás sikeres megtartásáért. Azt Ő sem tagadta, hogy több pontban sem tudtak megegyezni, mint a határok kérdése, az olajvagyon és a Nílus vizének megosztása. A referendum megtartásával kapcsolatosan az északiak azzal is megvádolták a délieket, hogy az északi területeken élő déli származású lakosokat fenyegetéssel próbálják távol tartani a szavazástól, mivel attól tartanak, hogy azok az ország egysége mellett és nem Dél függetlensége mellett szavaznának. Az északon élő déliek azért sem mernek szavazni, mert attól félnek, ha a délieket támogatják, elveszítik az északon lévő otthonukat, vagyonukat, őket meg áttelepítik Dél-Szudánba. A határvidéken élő muzulmánok meg attól tartanak, hogy Dél függetlenné válása után nekik se lenne maradásuk a mostani lakóhelyükön. A kormány szándékát a referendummal kapcsolatosan jól mutatja, hogy 2010 decemberében az Alkotmánybíróság, támogatta azoknak a szudáni ügyvédeknek a beadványát, akik a referendum lebonyolításáért felelős választási testület feloszlatását követelték.
Minni Minawi, az SLA (Sudan Liberation Army) vezetője, aki a Darfur Békeegyezmény egyik aláírójaként, a szudáni elnök különleges tanácsadója lett, nemrégiben lemondott a pozíciójáról és délre, Jubába költözött. Álláspontja szerint az északiak nem tartanak be egyetlen megállapodást sem, nem szabad nekik hinni. Véleménye szerint Dél-Szudán elnyeri a függetlenségét, míg a khartoumi rezsim csatlakozik a „bukott államok” klubjához. Ez már a szudáni kormánynak is sok volt, így a korábbi felkelővezért az állam ellenségének nyilvánították és bezárták a fővárosban lévő irodáját.
Sokak szerint a referendum nem lesz sikeres, az utóbbi időkben eldurvult kampány miatt. Ennek némileg ellentmond az a tény, hogy több mint 20 dél-szudáni politikai csoportosulás félretéve korábbi nézeteltéréseit, egyességet kötött, hogy egységesen lépnek fel a függetlenség elérése érdekében.
A referendum időben történő megtartásával kapcsolatosan az USA is nyomást gyakorolt a szudáni kormányzattal, azzal hogy az ellen hozott szankciókat meghosszabbította. Azonban felajánlotta, amennyiben a tervek szerint megtartják a referendumot és annak eredményét az északiak tiszteletben tartják, Szudán lekerülhet a terroristákat szponzoráló államok listájáról.