A holttest röviddel azután eltűnt, hogy a bolíviai hadseregnek óriási erőfeszítések árán sikerült elhitetni a világgal, hogy a birtokukban lévő holttest valóban Ernesto Guevara földi maradványa. Ezután a holttest 30 éven keresztül nem is került elő, és még ma sem világos ezen évek eseményeinek minden mozzanata.
Miután Che Guevarát megölte a bolíviai hadsereg egyik katonája, a testet hozzákötötték egy helikopter aljához és elszállították a közelben lévő Vallegrande megyeszékhelyre. Ott aztán a helyi kórház mosodájában állították ki – egy napig volt közszemlén a halott és látogatók, kiváncsiskodók tömegei vonultak el, hogy megnézzék holtában a félelmetes gerillát: a mosoda pedig hamarosan egy kápolnára kezdett hasonlítani, hiszen nemcsak virágokkal, hanem apró keresztekkel, és kis hordozható oltárokkal telt meg a szoba a biztonsági erők minden erőfeszítése ellenére. De hogy a bomlást késleltessék, a biztonság kedvéért, egy orvos formaldehidet fecskendezett a halott vénájába és ennek hatására a halott lezárt szemei kinyiltak – így aztán majdnem élőnek tűnt ott, ahol feküdt. Ezt a képet ismeri róla a világ.
Guevara hosszú haja és szakálla pedig egyes helyi lakosokat Krisztusra kezdte emlékeztetni, és titokan előkerültek a kisollók és bicskák: a lakosság elkezdte elhordani Ché hajának egy-egy fürjét, szakállának egy-egy darabját. Erre a bolíviai hatóságok megijedtek, mert ha ez most így zajlik, akkor mi lesz a sírja körül – zarándokhellyé válhat, az ellenállás fészkévé… ezért gyorsan lemondtak a nyilvános temetésről, és a megjelölt sír ellen szavaztak.
Ugyanakkor kellett egy megkérdőjelezhetetlen bizonyíték arra, hogy a halott valóban Che Guevara. Volt, aki a fej levágása és konzerválása mellett kardoskodott, de aztán azok győztek, akik ezt barbarizmusnak tartották. Így döntöttek a kéz amputálása mellett, hogy azt elküldjék Buenos Airesbe, ahol az újjlenyomatok digitális megőrzése mellett összevetették a helyi rendőrség birtokában lévő újjlenyomatokkal. Ez mindig is bizonyíték lesz arra, hogy valóban Ernesto Guevarát sikerült megölnie a bolíviai hadseregnek – gondolták. A test többi részét pedig titokban még aznap éjjel eltemették egy névtelen sírban, együtt hat elvtársával. A holttestet követelő családnak pedig azt mondták, hogy már elhamvasztották.
Az igazságra aztán 1997-ben derült fény, amikor kubaiak egy csoportja felnyitotta a Vallegrande-i repülőtér leszállópályája mellett lévő tömegsírt, amelyben hét holttestet találtak. Egyikük keze csukló magasságában le volt vágva. A vizsgálatok pedig kiderítették, hogy a fogsorából hiányzó zápfog megegyezik azzal, amelyet Havannában őriztek. A sírban találtak még egy férfi zubbonyt, amelynek zsebében egy dohányzacskó volt: azt tudni lehetett, hogy a halála előtt az egyik elfogója egy zacskó dohányt adott Chenek.
Mivel a további vizsgálatok is azt támasztották alá, hogy az egyik holttest Che Guevaráé volt, Kuba visszakapta a gerillavezér földi maradványait, amelyet aztán állami tiszteletadással temettek el Havannában az erre a célra épített mauzóleumban.
De még ezután is vannak megválaszolatlan kérdések. A CIA egyik munkatársa, aki szorosan együttműködött Guevara kézrekerítésében, kitartott azon véleménye mellett, hogy Che két társával együtt lett eltemetve. Vagyis lehetséges, hogy minden vizsgálat ellenére mégsem Guevara holtteste volt a jeltelen tömegsírban? Nem egyezett továbbá az sem, amit az 1967-es boncolási jegyzőkönyv tartalmazott és az, amit a sírban megtalált emberi maradvány esetében találtak. Mégis lehetséges volna, hogy Che holtteste máig sem került elő? A kérdőjelek tehát továbbra is ott vannak….