A vád szerint a hatalomból júliusban eltávolított Murszi és az őt támogató Muzulmán Testvériség terrorcselekményekre készült, és e célból titokban a palesztin Hamásszal, illetve a libanoni Hezbollah szervezettel szövetkezett. A Murszi elleni perben további vádlottként szerepel a Muzulmán Testvériség 34 magas rangú tagja, köztük Mohamed Badíe, az iszlamista mozgalom elnöke.
November 4-én tartották az első tárgyalást az ügyben, de végül januárra napolták azt. Mohamed Morszi ugyanis nem volt hajlandó rabruhába bújni, és hadsereg-, illetve bíróság-ellenes jelszavakat skandált a tárgyalóteremben 14 vádlott-társával együtt. (Bővebben: http://www.keletport.hu/index.php/politika/111-egyiptom/124-morszi-per-folytatas-januarban )
Azonban ez idő alatt az egyiptomi ügyészség újabb vádakat keresett és talált is Murszi-ellen. Egyiptomi terrorcselekmények elkövetése érdekében külföldi szervezetek javára történő kémkedés, valamint titkos védelmi információk külföldi ország számára történő kiadása” miatt is vádat emelnek. Ezekért akár halálbüntetés is kiszabható.
Egyes vádlottaknak, így Eszám Haddádnak, Murszi elnök jobbkezének azért is felelnie kell, amiért állítólag államtitkokat adott ki a Forradalmi Gárda nevű iráni elitalakulatnak. A főügyészség azzal is vádolja a Muzulmán Testvériséget, hogy köze van az ország első demokratikusan megválasztott elnöke megbuktatása után – egyebek mellett a Sínai-félszigeten – elkövetett támadások számának növekedéséhez.