Guantánamo a 2001. szeptember 11-i terrortámadások után vált világszerte hírhedtté. A tragikus események után az Egyesült Államok George W. Bush vezette kormánya háborút indított a terrorizmus ellen, melynek eredménye több olyan intézkedés lett, melyet mind hazai, mind nemzetközi szinten sokan bíráltak. Ilyen volt a guantánamói bázison kialakított fogolytábor, melynek felállításával Michael Lehnert tengerészgyalogos tábornok lett megbízva. Lehnert elmondása szerint erre 2002 januárjában 96 órát kapott. Egy héttel később meg is érkezett a fogvatartottak első 20 fős csoportja. Az ideiglenesen felállított tábor, ahol őket elszállásolták a Camp X-Ray nevet kapta. Ezt később bezárták, és ma a Camp Delta és a Camp Iguana egységek működnek.
A Védelmi Minisztérium szerint a fogolytáborra azért volt szükség, hogy a különösen veszélyes, háborús bűncselekményekkel gyanúsított személyeket, ahogy Donald Rumsfeld akkori védelmi miniszter fogalmazott a „legrosszabbak legrosszabbjait” a legalkalmasabb körülmények között tudják kihallgatni, és a megfelelő eljárást lefolytathassák ellenük. Erre az az ideális helyet mindenképpen az Egyesült Államok kontinentális területein kívül akarták megtalálni, és Guantánamo mellett szóba került Guam is, de végül a karibi térségben lévő támaszpontra esett a választás. A helyszín jelentőségének jobb megértéséhez érdemes megjegyezni, hogy az amerikai jogrendszernek két párhuzamosan létező ága van: az általános szövetségi igazságszolgáltatás, és az ettől némileg eltérő hadbíróság. A fogolytáborban bebörtönzöttekkel szembeni eljárás lefolytatására létrehozott törvényszék működése mind a két rendszertől eltér. Ennek elsődleges oka az, hogy Guantánamo nem része az Egyesült Államoknak, és így az Alkotmány sem számít kötelező érvényűnek. Ezen felül a tábor megnyitásakor a Védelmi Minisztérium a Genfi egyezményeket sem tekintette betartandónak a fogvatartottakkal való bánásmódot tekintve, mivel nemzetközi jogi tekintetben nem számítanak hadifogolynak. A Legfelsőbb Bíróság 2006-os döntése alapján azonban ennek ellenére is vonatkoznak rájuk a III. genfi egyezményben megfogalmazott, az emberséges bánásmódot biztosító rendelkezések.
A tábort már a kezdetek óta rengeteg bírálat érte a fogvatartottakkal való bánásmód miatt, és ezek 2006 után egyre jobban felerősödtek. A külföldi kormányoktól sorban érkeztek a kritikák, és az Egyesült Államok legszorosabb szövetségese, az Egyesült Királyság részéről is többen elítélték a guantánamói körülményeket. Az ENSZ emberi jogi biztosa pedig felszólította a Bush-kormányzatot, hogy zárja be a tábort. Az emberi jogokat védő szervezetek szintén hangot adtak tiltakozásuknak. Az Amnesty International „napjaink Gulagjának” nevezte Gitmót. A komoly visszaélésekről, kínzásokról (amire a kormányzat a „fokozott kihallgatási technikák” eufemizmust kezdte használni) és embertelen bánásmódról szóló kijelentéseket a kormányzat folyamatosan cáfolta, de az érintettek beszámolóiból már akkor tudni lehetett, hogy a megjelent hírek igazak. Végül először a táborban folytatott eljárások kivizsgálásával megbízott Susan Crawford jelentésében ismerték el hivatalosan, hogy történtek visszaélések. Erre 2009 januárjában került sor, közvetlenül a Bush-adminisztráció leköszönése előtt.
Bush W. Bush 2. elnöki ciklusát követően 2009. január 22-én Barack Obama kampányígéretének megfelelően már első teljes hivatali napján elrendelte a fogvatartottakkal szembeni eljárások 120 napos felfüggesztését, és egy ütemterv kidolgozását a tábor bezárására, aminek céldátumaként az év végét jelölte meg. A foglyoknak a státusza azonban távolról se volt lezárva, így Gitmo felszámolása egyben azt is jelentette volna, hogy tárgyalás útján kell ítéletet hozni velük szemben, mégpedig amerikai földön. A Kongresszus ellenezte Obama tervét, és a Szenátus nagy többséggel meg is szavazta a források blokkolását, melyek a foglyok bármilyen jellegű áthelyezéséhez, szállításához szükségesek lettek volna. Ekkor az elnök mindezt csak a bezárást késleltető tényezőnek tekintette, és leszögezte, hogy továbbra is feltett szándéka, hogy a tábor üzemelését beszüntesse, és azon a véleményen volt, hogy ez a következő évben, 2010-ben meg is valósulhat.
A 2010-es esztendő elején elkészült jelentés, mely a fogvatartottak státuszát elemezte, nem ezt sugallta. A többségük esetében a szabadon engedést vagy külföldre való áthelyezést javasolta a dokumentum, továbbá egy részüket alkalmasnak találta rá, hogy szövetségi bíróság tárgyalja az ügyüket és hozzon róluk ítéletet. Néhányuk esetében azonban az volt a megállapítás, hogy elengedésük (sőt szállításuk is) túl veszélyes lenne, a rendelkezésre álló bizonyítékok pedig nem alkalmasak rá, hogy elítéljék őket, ezért a határozatlan időre való fogvatartáson kívül más javaslatot nem tett a jelentés az esetükben. A Kongresszus által elfogadott védelmi kiadások értelmében a következő években továbbra se volt lehetséges, hogy a bebörtönzöttek ügye bíróság elé kerüljön, a bázison folyó katonai eljárás pedig újra zöld utat kapott 2011 márciusában. Világossá vált, hogy a kormányzatban nincs meg az elkötelezettség, hogy a tábort végleg bezárja, annak ellenére, hogy ez akár a Kongresszus megkerülésével is lehetséges lenne. Mivel a tálibok előszeretettel használták Gitmót, mint az amerikai igazságtalanság és elnyomás jelképét, az Egyesült Államok elleni harcra való toborzásnál a nyitva tartásának nemzetbiztonsági kockázata világos volt, az elhatározás a felszámolásra azonban továbbra is csak szavakban mutatkozott meg.