A hatóságok Murszit és az időközben betiltott Muzulmán Testvériség további 14 tagját tartják felelősnek több tüntető haláláért, ami 2012 decemberében, a Murszi-kormány által támogatott új alkotmány elleni egyik demonstráción történt. A vád szerint a volt elnök és vezérkara arra bujtogatta támogatóit, hogy támadjanak a tüntetőkre, miután a belügyminisztériumot őrző egységek megtagadták a parancsot.
A bírósági tárgyalás novemberben megkezdődött, de a tárgyalóteremben történt zajos rendbontás miatt elnapolták. Mohamed Murszi akkor kijelentette, hogy nem ismeri el a bíróságot, és hogy továbbra is ő Egyiptom demokratikus úton megválasztott elnöke.
Két további per is folyik Murszi ellen. Az egyik szerint a volt államfő összeesküvést szervezett a palesztin Hamász iszlamista szervezettel, a libanoni síita Hezbollahhal és az iráni kormánnyal Egyiptom ellen. A második vád szerint Murszinak része volt abban, hogy 2011-ben, az akkori elnök, Hoszni Mubarak elleni felkelés idején sok rab megszökött börtönéből. Mindhárom perben halálra ítélhetik.
A hatóságok – korábbi figyelmeztetésükhöz híven – szerda reggel őrizetbe vettek több tüntetőt a rendőr-akadémia épülete előtt, akik jelszavaikkal a vádlottakat támogatták.