A laboratóriumi vizsgálatok fuzárium gombásodást mutattak ki a mintákban. A termelők és exportőrök is attól tartanak, hogy a gombafertőzés a teljes termést tönkre teheti. Az egyik legnagyobb kiviteli cég felelőse a fuzárium fertőzést azzal magyarázza, hogy az elmúlt években az alacsony árak miatt a vanília termesztők nem törődtek eleget az ültetvényekkel, nem védekeztek megfelelően, éppen a pénzhiány miatt a növénybetegségek ellen. Most ennek a következménye a fuzárium fertőzés. Mélyítheti a válságot, hogy szintén a pénztelenség miatt a feldolgozók is hányaveti módon végezték a feladatukat, sok fontos szárítási és minőségbiztosítási szabályt nem tartottak be.
A madagaszkári vanília adja a világpiac 60 százalékát. Az évi 1200-1500 tonnás termésből 80 ezren élnek a szigeten. Az árak 15-30 euró között mozognak kilónként.