Hét egyiptomi ember jogi szervezet közben jelezte, hogy aktivistái számos szavazókörzetben komoly rendellenességeket észleltek. A beszámolójukból kiderült, hogy sokan hamis személyivel igazolták magukat és voltak, akik bíráknak adták ki magukat. Több szavazókörzetben pedig megakadályozták a nőket abban, hogy leadják a voksukat. Másutt a keresztények ütköztek hasonló akadályokba. A választást rendjére ügyelő civil szervetek felszólították a Választási Bizottságot, a második fordulóban gondoskodjon arról, hogy ehhez hasonló incidensek és rendellenességek ne forduljanak elő. Az ellenzéki pártokat tömörítő Nemzeti Megmentési Front szintén számos problémát észlelt. A voksolást nehezítette, hogy kevés bíró vállalt szerepet a szavazás ellenőrzésében.
Az új alaptörvényről kiírt népszavazást komoly utcai megmozdulások előzték meg. A liberális és világi pártok és ellenzéki politikusok azt kifogásolták, hogy az új alaptörvény nem garantálja a szabadságjogokat és a nők egyenjogúságát. Az alaptörvényt előkészítő bizottság tagjai túlnyomó részben iszlamisták voltak.